El fenómeno de las inundaciones es un elemento ligado ineludiblemente a la história de Puente Genil, remontándose la primera crecida de la que se tiene referencias, a principios del siglo XV. Desde entonces y periodicamente (1.543, 1.589, 1.595, 1.618, 1.626, 1.684, 1.786, 1.805, 1.892, 1.895, 1.917, 1.947 y 1.963) se ha venido produciendo este hecho, que en la mayoría de los casos ha provocado inundaciones en la vega, las viviendas y el puente que da nombre a nuestra localidad.

El 7 de marzo de 1.917 una crecida destruyó 122 viviendas en la zona de las Huertas y otras 100 en el casco urbano. Además, hubo que lamentar la pérdida de dos vidas humanas por el derrumbamiento de unas viviendas.

El 17 de febrero del año 1.963 tuvo lugar la inundación más importante y espectacular del siglo pasado. Falleció una persona a causa de un derrumbamiento en una vivienda. El balance de la crecida fue de 153 viviendas inundadas y 192 viviendas en ruinas en el casco urbano, 22 calles afectadas, 101 viviendas rurales hundidas, 90 comercios perjudicados y 39 empresas afectadas. Según el modelo hidraúlico del rio Genil a su paso por la localidad de Puente Genil diseñado para el Proyecto de Prevención de Avenidas, se ha establecido el caudal máximo circulante por la ciudad por aquel entonces en el entorno de los 1.000 m³/s.